Processed file: input.fasta
Number of sequences: 4
Alignment assumed to be: DNA
New number of positions: 1072 (selected positions are underlined in blue)
10 20 30 40 50 60
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col ---------AGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA
Lactobacillus_m CAAAATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA
Levilactobacill CTTACTTAAGTTTTCATCATA-------------------------------AGATGAGA
Lactiplantibaci ----------------------------------GCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA
########
70 80 90 100 110 120
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col GTCGAACGG----TAACAGGAAGCAGCTTGCTGCTTTGCTGA--------------CGAG
Lactobacillus_m GTCGAGCGAGCTTGCCTATTGAA----ATTCTTCGGAATGGACAT--AGATACAAGCTAG
Levilactobacill GTTG--------CTTCCGTTGAATGACGTGCTTGC--ACTGATTTCAACAATGAAGCGAG
Lactiplantibaci GTCGAACGAACTCTGGTATTGATTG--GTGCTTGCATCATGATTT--ACATTTGAGTGAG
#### ####
130 140 150 160 170 180
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col TGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAA-CTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAA
Lactobacillus_m CGGCGGATGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTTAAGTCTGGGATACCATTTGGAA
Levilactobacill TGGCGAACTGGTGAGTAACACGTGGGGAATCTGCCCAGAAGCAGGGGATAACACTTGGAA
Lactiplantibaci TGGCGAACTGGTGAGTAACACGTGGGAAACCTGCCCAGAAGCGGGGGATAACACCTGGAA
############################# ##############################
190 200 210 220 230 240
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col ACGGTAGCTAATACCGCATAACG-------TCGCAAGCACAAAG-----AGGGGGACCTT
Lactobacillus_m ACAGATGCTAATACCGGATAAAAGCTACTTTCGCATGAAAGAAGTTTAAAAGGCGGCGTA
Levilactobacill ACAGGTGCTAATACCGTATAACAACAAAATCCGCATGGATTTTGTTTGAAAGGTGGCTTC
Lactiplantibaci ACAGATGCTAATACCGCATAACAACTTGGACCGCATGGTCCGAGTTTGAAAGATGGCTTC
####################### ############# ###########
250 260 270 280 290 300
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col AGGGCCTCTTGCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTC
Lactobacillus_m AG---CTGTCGCTAAAGGATGGACCTGCGATGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTT
Levilactobacill GG---CTATCACTTCTGGATGATCCCGCGGCGTATTAGTTAGTTGGTGAGGTAAAGGCCC
Lactiplantibaci GG---CTATCACTTTTGGATGGTCCCGCGGCGTATTAGCTAGATGGTGGGGTAACGGCTC
## #######################################################
310 320 330 340 350 360
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col ACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCAACACTGGAACTGAGACA
Lactobacillus_m ACCAAGGCGATGATGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACA
Levilactobacill ACCAAGACGATGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGGA-------A
Lactiplantibaci ACCATGGCAATGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGGACTGAGACA
#################################################### #
370 380 390 400 410 420
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col CGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGA
Lactobacillus_m CGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAGTCTGA
Levilactobacill CGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGAAAGTCTGA
Lactiplantibaci CGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGAAAGTCTGA
############################################################
430 440 450 460 470 480
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col TGCAGCCATGCNGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGGGGAG
Lactobacillus_m TGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTGGTGAA
Levilactobacill TGGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGTTAAAGAA
Lactiplantibaci TGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGTTAAAGAA
############################################################
490 500 510 520 530 540
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col GAA-------GGGAGTAAAGTTAATACCTTTGCTCA----TTGACGTTACCCGCAGAAGA
Lactobacillus_m GAAGGATAGAGGTAGTAA-----------CTGGCCTTTATTTGACGGTAATCAACCAGAA
Levilactobacill GAACACCTTTGAGAGTAA-----------CTGTTCAAGGGTTGACGGTATTTAACCAGAA
Lactiplantibaci GAACATATCTGAGAGTAA-----------CTGTTCAGGTATTGACGGTATTTAACCAGAA
### ####################
550 560 570 580 590 600
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG
Lactobacillus_m AGTCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGG
Levilactobacill AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGG
Lactiplantibaci AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGG
############################################################
610 620 630 640 650 660
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC
Lactobacillus_m ATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGATTGATAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGC
Levilactobacill ATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCG-------------------------------
Lactiplantibaci ATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGC
#############################
670 680 690 700 710 720
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col TCAACCTGGGAACTGCATCTGATACTGGCAAGCTTGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATT
Lactobacillus_m TCAACCGAAGAACTGCATCAGAAACTGTCAATCTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAACT
Levilactobacill ------------------------------------------------------------
Lactiplantibaci TCAACCGAAGAAGTGCATCGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACT
730 740 750 760 770 780
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC
Lactobacillus_m CCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCT
Levilactobacill -CATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGT
Lactiplantibaci CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGT
###########################################################
790 800 810 820 830 840
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col CTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT
Lactobacillus_m CTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCT
Levilactobacill CTAGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCT
Lactiplantibaci CTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGTATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCT
############################################################
850 860 870 880 890 900
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGAC------TTGGAGG--TTGTGCCCTTGAGGCGT
Lactobacillus_m GGTAGTCCATGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGGAGGTTTCCGCCTCTCAG----
Levilactobacill GGTAGTCCATGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAG----
Lactiplantibaci GGTAGTCCATACCGTAAACGATGAATGCTAAGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAG----
############################ #############
910 920 930 940 950 960
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col GGCTTCCGGANNTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAAC
Lactobacillus_m ---TGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAAC
Levilactobacill ---TGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAAC
Lactiplantibaci ---TGCTGCAGCTAACGCATTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAAC
#########################################################
970 980 990 1000 1010 1020
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col TCAAATGAATTGACGGGGG-CCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAAC
Lactobacillus_m TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAAC
Levilactobacill TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCTAC
Lactiplantibaci TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCTAC
################### ########################################
1030 1040 1050 1060 1070 1080
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col GCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACGGAAGTTTTCAGAGATGAGAATGTGCCTT
Lactobacillus_m GCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTTTGACCACCTAAGAGATTAGGTTTTCCCTT
Levilactobacill GCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGCCAATCTTAGAGATAAGACGTTCCCTT
Lactiplantibaci GCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTATGCAAATCTAAGAGATTAGACGTTCCCTT
############################################################
1090 1100 1110 1120 1130 1140
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col CGGGAACCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGT
Lactobacillus_m CGGGGACAAAGAGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGT
Levilactobacill CGGGGACAGAATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGT
Lactiplantibaci CGGGGACATGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGT
############################################################
1150 1160 1170 1180 1190 1200
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col TAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTCCGGCCGGGAACTCA
Lactobacillus_m TAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTAATAGTTGCCAGC-ATTAAGTTGGGCACTCT
Levilactobacill TAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATCAGTTGCCAGC-ATTCAGTTGGGCACTCT
Lactiplantibaci TAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATCAGTTGCCAGC-ATTAAGTTGGGCACTCT
########################################## #################
1210 1220 1230 1240 1250 1260
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col AAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCC
Lactobacillus_m ATTGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCC
Levilactobacill GGTGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCC
Lactiplantibaci GGTGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCC
############################################################
1270 1280 1290 1300 1310 1320
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col TTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAG
Lactobacillus_m TTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGCAGTACAACGAGAAGCGAACCTGTGAA
Levilactobacill TTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAACGAGTCGCGAAGTCGTGAG
Lactiplantibaci TTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAACGAGTTGCGAACTCGCGAG
############################################################
1330 1340 1350 1360 1370 1380
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col AGCAAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCAT
Lactobacillus_m GGCAAGCGGATCTCTTAAAGCTGTTCTCAGTTCGGACTGTAGGCTGCAACTCGCCTACAC
Levilactobacill GCTAAGCTAATCTCC---------------------------------------------
Lactiplantibaci AGTAAGCTAATCTCTTAAAGCCATTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACAT
##############
1390 1400 1410 1420 1430 1440
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col GAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCT
Lactobacillus_m GAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCT
Levilactobacill ------------------------------------------------------------
Lactiplantibaci GAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCT
1450 1460 1470 1480 1490 1500
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col TGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAA--------------------
Lactobacillus_m TGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTTTGTAACACCCAAAGTCGGTGAGGTAACCT
Levilactobacill ------------------------------------------------------------
Lactiplantibaci TGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTTTGTAACACCCAAAGTCGGTGGGGTAACCT
1510 1520 1530 1540 1550 1560
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Escherichia_col ---AGAAGTAGGTAGCTTAACTTCGGGAGGGCG---------------------------
Lactobacillus_m T--TGGAGCCAGCCGCCTAAGGTGGGACAGATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGC
Levilactobacill ---GGGAGTCAGCCGTCTAAGGTGGGACAGATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGC
Lactiplantibaci TTTAGGAACCAGCCGCCTAAGGT-GGACAGATGAT-------------------------
###################
1570 1580 1590
=========+=========+=========+===
Escherichia_col ---------------------------------
Lactobacillus_m CGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
Levilactobacill CGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
Lactiplantibaci ---------------------------------
Parameters used Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 3 Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 3 Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 8 Minimum Length Of A Block: 10 Allowed Gap Positions: None
Flank positions of the 14 selected block(s) Flanks: [53 64] [117 149] [151 203] [212 224] [230 242] [246 352] [360 483] [521 629] [722 868] [884 896] [904 979] [981 1182] [1184 1334] [1505 1523] New number of positions in input.fasta-gb: 1072 (67% of the original 1593 positions)