Processed file: input.fasta
Number of sequences: 3
Alignment assumed to be: DNA
New number of positions: 634 (selected positions are underlined in blue)
10 20 30 40 50 60
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc RCTTSBRNARTSVTCHRCMYCYTCHRMCNDASSTBTNNTNC-GNARTNACDSMNTCHNDR
Treron_Calvus_c ---TRRNCAVAVTCHRTRCACYTCHRMCNDASSTBTNNTNCNGNARTNACDSMNTCHNDR
Tiger_shark_cyt GACRDCTVNRVTCHRGCNSHCYTCHRMCNDASSTBTNNTNC-GNARTNACDSMNTCHNDR
70 80 90 100 110 120
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc NA---------TTTGGTATTTGATCAGGTTTGTTAGGAACCTCCTTAAGTTTAATAATCC
Treron_Calvus_c NATACCTAATCTTCGGTGCATGAGCCGGCATGGTTGGCACTGCACTTAGCCTCCTCATCC
Tiger_shark_cyt NA----------TTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCTCTAAGTCTTCTAATTC
################################################
130 140 150 160 170 180
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc GAACAGAATTAGGACAACCTGGTTCCCTCCTTAATGATGATCAACTATATAATGTAATCG
Treron_Calvus_c GCGCAGAACTAGGACAACCCGGCACCCTTCTAGGAGACGACCAAATCTATAATGTAATCG
Tiger_shark_cyt GAGCTGAACTCGGACAACCAGGATCACTCTTAGGGGACGATCAAATCTATAATGTAATCG
############################################################
190 200 210 220 230 240
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc TCACAGCTCATGCATTCGTAATAATTTTCTTCCTTGTTATACCAGTCATAATTGGAGGAT
Treron_Calvus_c TTACAGCTCATGCCTTCGTAATAATTTTCTTTATAGTCATGCCAATTATAATCGGAGGCT
Tiger_shark_cyt TAACTGCCCATGCTTTCGTAATAATCTTTTTTATAGTTATACCAATCATAATTGGTGGCT
############################################################
250 260 270 280 290 300
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc TTGGAAATTGATTAGTACCATTAATATTGGGTGCCCCTGATATAGCATTCCCTCGAATAA
Treron_Calvus_c TTGGAAACTGGCTAGTTCCCCTTATAATTGGTGCCCCCGACATAGCATTCCCACGCATAA
Tiger_shark_cyt TCGGAAATTGACTAGTTCCGTTAATAATTGGTGCACCAGATATAGCTTTCCCACGAATAA
############################################################
310 320 330 340 350 360
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc ATAATATAAGCTTTTGACTTCTCCCCCCATCATTAACTCTCTTATTATCTTCTGCTGCAG
Treron_Calvus_c ACAACATAAGCTTCTGACTACTACCCCCATCCTTCCTCCTGCTCCTAGCCTCCTCCACAA
Tiger_shark_cyt ATAACATAAGCTTCTGACTTCTTCCACCATCATTTCTTCTTCTACTAGCCTCTGCTGGAG
############################################################
370 380 390 400 410 420
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc TAGAAAGTGGTGTTGGAACTGGATGAACCGTTTACCCCCCTCTTTCAAGAAATTTAGCTC
Treron_Calvus_c TTGAGGCCGGCGCCGGAACAGGATGAACCGTATATCCCCCCTTAGCTGGTAACCTAGCCC
Tiger_shark_cyt TAGAGGCTGGAGCAGGTACTGGTTGAACAGTTTATCCTCCATTAGCTAGTAACCTAGCTC
############################################################
430 440 450 460 470 480
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc ATATAGGACCATCTGTCGATTTAGCTATTTTTTCACTTCATCTAGCAGGTATTTCTTCAA
Treron_Calvus_c ACGCTGGAGCTTCCGTAGACCTTGCCATCTTCTCCCTCCACCTAGCTGGTATCTCCTCCA
Tiger_shark_cyt ATGCTGGACCATCTGTTGATTTAGCAATTTTCTCTCTTCACTTAGCTGGTGTTTCATCAA
############################################################
490 500 510 520 530 540
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc TTCTTGGAGCTATTAACTTTATCACAACTATTATTAATATACGATGAGAAGGAATACTTA
Treron_Calvus_c TCTTAGGGGCCATCAACTTCATCACTACCGCCATCAACATAAAACCACCAGCCCTCTCGC
Tiger_shark_cyt TTTTAGCCTCAATTAACTTTATTACAACTATCATTAATATAAAACCCCCAGCTATCTCCC
############################################################
550 560 570 580 590 600
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc TAGAACGACTTCCACTATTTGTATGATCCGTCTTCATTACTGCTATTCTACTTCTCCTTT
Treron_Calvus_c AATACCAAACCCCACTATTCGTATGATCTGTCCTCATCACTGCAGTCCTTCTCCTCCTAT
Tiger_shark_cyt AATATCAAACACCATTATTTGTATGATCTATTCTTGTTACTACTATTCTCCTTCTTCTTT
############################################################
610 620 630 640 650 660
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc CATTACCAGTTCTTGCTGGAGCAATTACTATACTCCTAACCGATCGAAATTTTAATACCA
Treron_Calvus_c CTCTCCCAGTCCTCGCCGCTGGCATCACAATACTACTTACAGATCGAAACCTAAATACCA
Tiger_shark_cyt CACTTCCAGTTCTTGCAGCAGGAATTACAATACTACTTACAGACCGTAACCTTAATACTA
############################################################
670 680 690 700 710 720
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
Cephalopods_cyc CATTTTTTGATCCTAGAGGAGGAGGAGATCCCATTTTATATCAACATTTATTT-------
Treron_Calvus_c CCTTCTTTGACCCTGCTGGTGGAGGTGACCCAGTACTATACCAACAC-------------
Tiger_shark_cyt CATTCTTTGATCCAGCGGGTGGAGGAGATCCAATCCTTTATCAGCACTTATTCTGATTCT
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Cephalopods_cyc -------
Treron_Calvus_c -------
Tiger_shark_cyt TCGGTCA
Parameters used Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 2 Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 3 Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 8 Minimum Length Of A Block: 10 Allowed Gap Positions: None
Flank positions of the 1 selected block(s) Flanks: [73 706] New number of positions in input.fasta-gb: 634 (87% of the original 727 positions)